A Secretaria de Controle Externo (SECEX) é constituída por 12 diretorias, 6 departamentos e 2 comissões:

• Diretoria de Controle Externo da Administração dos Municípios do Interior (DICAMI)

Tem por objetivo verificar os planos e relatorias de auditorias, as instruções conclusivas de processos de controle externo referente a administração dos municípios do interior, e, eventualmente, as notificações elaboradas por comissão de inspeção, analisando sua concordância com os modelos previamente aprovados e as normas gerais de auditoria. Além disso, realiza a gestão processual controlando prazos, elaborando as peças informativas à relatoria, as correspondências aos jurisdicionados e tramita os processos às comissões de inspeção/auditoria.

• Diretoria de Controle Externo de Admissões de Pessoa (DICAPE)

O objetivo é fiscalizar os concursos públicos, processos seletivos simplificados, os atos de admissão (temporários e efetivos) para fins de registro e auditar por tema a área de pessoal a partir de trilhas extraídas da folha de pagamento.

• Diretoria de Controle Externo da Administração do Município de Manaus (DICAMM)

Tem por objetivo fiscalizar as entidades da administração direta do município de Manaus por meio da análise das prestações de contas, das inspeções ordinárias e extraordinárias, demandas de ouvidoria, representações, denúncias, além do acompanhamento dos dados e informações prestados pelos jurisdicionados nos sistemas informatizados do TCE/AM e da realização de auditorias concomitantes.

• Diretoria de Controle Externo da Administração Indireta Estadual (DICAI)

Tem por objetivo fiscalizar as entidades da administração indireta do município de Manaus por meio da análise das prestações de contas, das inspeções ordinárias e extraordinárias, demandas de ouvidoria, representações, denúncias, além do acompanhamento dos dados e informações prestados pelos jurisdicionados nos sistemas informatizados do TCE/AM e da realização de auditorias concomitantes.

• Diretoria de Controle Externo de Aposentadoria, Reformas e Pensões (DICARP)

Tem por finalidade instruir o atos de aposentadoria, reformas e pensões de acordo com os princípios da legalidade, impessoalidade, isonomia e demais princípios administrativos. Além de verificar a documentação para atestar a legalidade e o cumprimento dos requisitos, usando como suporte a legislação pertinente, a internet e os sistemas disponibilizados pela instituição.

• Diretoria de Controle Externo de Obras Públicas (DICOP)

Tem por finalidade a análise prévia dos projetos básicos, editais de licitação, dispensas e inexigibilidades, licenças, contratos e demais ajustes administrativos referentes as obras e serviços públicos estaduais e municipais de engenharia.

• Diretoria de Controle Externo dos Regimes Próprios de Previdência do Estado e dos Municípios do Amazonas  (DICERP)

Tem por objetivo fiscalizar a arrecadação das contribuições previdenciárias do regime próprio da previdência social e submeter a apreciação do Tribunal Pleno.

• Diretoria de Controle Externo de Tecnologia da Informação (DICETI)

Tem por objetivo fiscalizar a contratação, a gestão e o uso de recursos de tecnologia da informação pelos órgãos e entidades do Estado do Amazonas e seus municípios.

• Diretoria de Controle Externo de Arrecadação, Subvenção e Renúncias de Receitas (DICREA)

Esta diretoria é dividida em três subáreas: arrecadação, subvenções e renúncias de receitas e dívida ativa. Tendo por finalidade efetuar a coleta de dados, a análise e o relatório relativo ao acompanhamento da receita pública, da declaração de subvenções, incentivos fiscais e renúncia de receitas e, por fim, do acompanhamento do gestão da Dívida Ativa, inclusive seu percentual de recuperação de créditos em relação ao total da dívida.

• Departamento de Análises de Transferências Voluntárias (DEATV)

Tem por objetivo fiscalizar o repasse de recursos por entidades públicas as organizações, seja civil, social ou não-governamental.

• Departamento de Auditoria Operacional (DEAOP)

Tem por objetivo fiscalizar e controlar os padrões de desempenho e qualidade dos serviços nos órgãos e entidades de administração estadual e municipal quanto ao aspecto de eficiência, eficácia, efetividade economicidade e equidade.

• Diretoria de Controle Externo Ambiental (DICAMB)

Tem por objetivo acompanhar as atividades pertinentes à fiscalização da preservação e conservação do patrimônio ecológico do Estado do Amazonas.

• Departamento de Auditoria em Saúde (DEAS)

Tem por objetivo supervisionar e realizar as auditorias operacionais na Saúde, bem como, pela disseminação de suas técnicas no âmbito da fiscalização do Tribunal de Contas.

• Departamento de Auditoria em Educação (DEAE)

Tem por objetivo supervisionar e realizar as auditorias operacionais na educação, bem como, pela disseminação de suas técnicas no âmbito da fiscalização do Tribunal de Contas visando, em última análise, a aferição do desenho das políticas públicas de Educação para o fim de assegurar a eficiência, eficácia e efetividade da intervenção governamental.

• Departamento de Auditoria em Desestatizações, Concessões e Preços Públicos (DEADESC)

Tem por objetivo analisar e fiscalizar os processos de desestatizações, delegações, preços públicos, parcerias público-privadas, consórcios e demais fiscalizações no âmbito da administração direta e indireta de todos os poderes do Estado do Amazonas e de seus municípios.

• Diretoria de Controle Externo das Licitações e Contratos (DILCON)

É responsável pelas atividades de fiscalização de processos licitatórios, dispensas e inexigibilidades, inclusive pela análise prévia dos respectivos editais, bem como, dos contratos administrativos firmados pela administração pública direta e indireta de todos os poderes do Estado e dos municípios do Amazonas.

• Departamento de Informações Estratégicas (DEINFE)

É responsável pelo levantamento, tratamento e gerenciamento de dados relevantes às atividades finalísticas da Corte, bem como pela aquisição, organização, cruzamento, produção e disseminação de informações que dão suporte ao controle externo.

• Divisão de Planejamento e Acompanhamento das Fiscalizações (DIPLAF)

• Comissão de Exame das Contas Gerais do Governo do Estado (COMGOV)

• Comissão de Exame das Contas Gerais do Prefeito de Manaus (COMPREF)